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三貉角）、圣多明哥城（淡水），接受当地的佛郎机人投降。
到了七月底，台湾支队完成了对台湾北部基隆地区的占领，这个地区就是后世台湾的台北、新北市、基隆、宜兰地区。部队进驻各个乡镇，以大明朝廷的名义发布安民告示，召集当地士绅、土着的头领开会，宣布朝廷对台湾的占领，和临时的政策约法，就是在占领宜兰时发布的约法。
首先，宣布台湾是大明的固有疆土，朝廷即日起恢复对台湾的占领，在台湾执行大明朝的法令，对反抗朝廷治理的按大明律镇压。
二是宣布当前为收复台湾的作战时期（台湾南部还没有收复），执行战时管制，地方行政统由军方管制。限制出海和陆地交通，不经允许任何人不准离开本地区。
三是设立台湾军事法庭，处理所有的民事案件。
四是到朝廷完全占领台湾后，终止军事管制。
五是废除侵略者对地名的命名，改‘圣地亚哥城’为台北、改‘萨尔瓦多城’为和平岛，改‘圣多明哥城’为淡水。同时，改‘鸡笼’为‘基隆’。
台湾土着在后世统称为高山族，实际可以细分为十余个族群。台湾土着是以‘社’为居住单位，大体相当于村、寨、部落。客观的说，这些种族大部分是不同时期从大陆来到这里的移民，文字的历史上已经无法考证。但是也有南亚岛屿上渡海而来的族群。由于年代久远，逐渐形成了不同于大陆汉族的社会文化。
朱万化承认华夏多民族的事实，也知道民族问题的复杂性。但是，他认为华夏的民族中各个民族是平等的，汉族是主导，但是汉族不应该有特权，同样，其他少数民族也不能享受不该有的特殊民族待遇。同时他还认为，执政者应该人为地消除民族的区别，使少数民族逐渐融入汉民族，以逐渐减少民族之间的矛盾。因此，宣传中就称原住民为先秦移民，也就给了他们汉族的地位。
在召集当地士绅、土着的头领开会时，就反复的宣讲这个观点。并警告他们，任何人不得以民族的特殊性要挟官府，聚众造反的就是民族和朝廷的敌人，将遭到坚决的镇压。占领台湾后，首要的任务就是发展经济。兴修水利，调整农田，修建道路，这些工作都面临征地问题。因此，这个警告是必要的，在存在各种大小霸主的情况下，征地首先就会激化出不少矛盾。讲民主，首先要看文化素质，对文化素质低下的人群，‘专制’就更符合绝大多数人的利益。
朱万杰还告诉当地的士绅、土着的头领，佛郎机人在侵略的过程中，所发生的对他们的严重侵害事件，可以依据事实，向官府告状，官府会为他们做主，告状时间以一个月为限。
按照朱万化的计划，占领台湾北部后，就可以开始移民和治理占领的地区，同时，沿着台湾西部沿海平原一路向南修建公路，铺设沿海的海底电缆，建设通信线路。当路修到台湾南部时，就是解决占领南部的红夷人（荷兰人）的时候了。因此，占领基隆地区后，暂时进入了一个平静时期。
按计划属于黄海舰队的舰船应该回归建制，暂住在舟山的移民也要陆续运往台湾，朱万化任命倪汝学为台湾行政长官也该到任了，台湾的各级政权也要开始组建。因此，除了留下一艘护5号（800料）军舰外，其余军舰及一批商船都要返回舟山。属于黄海舰队的护1号、护2号（1000料）、护3号（800料）三艘护卫舰到达舟山后要返回威海，其余的军舰和武装商船就担任舟山到台湾之间的护航任务。
相对舟山以北比较安全的海面，台湾周围的水域是不安全的，大小海盗多如牛毛，郑芝龙一系的海盗如杨六、杨七、钟斌、李魁奇、刘香等等，出了名的大海盗就有七八个。这个时期郑芝龙刚刚被朝廷招安，其手下有头有脸的大头目还心存异志，很多人觉得招安未必比作海盗好。正时郑芝龙整理内部，清理门户的最头痛的时期。因此，福建、台湾、广东水域也是最混乱的时候，护航的力量一定要强，否则极容易出问题。
八月初一，数十艘军舰、商船组成的船队从基隆出发，返回舟山。这时基隆只剩下了一艘护卫舰5号，为了弥补海上力量的不足，和平岛上俘虏的七艘战舰中选出了五艘编入护卫舰序列，编号护101到105。这些舰船上的舰炮暂时保留原佛郎机人的火炮。佛郎机火炮虽然落后，但是口径大，实心弹丸还是有一定的威力。为此，临时征用了一批佛郎机战俘的水手、炮手作为辅助和训练军官。朱家的舰船上都是一个岗位配多人，为的就是培养各级海军官兵，所以从已有的战舰上抽调军官士兵是很容易的。
泰西人的战舰上火炮数量很大，一般战舰都有三四十门炮，大型的战列舰火炮上百。大明朝最早的大威力西洋火炮（当时叫红夷大炮）就是在广东沿海打捞了一艘泰西人的沉没军舰获得的，然后聘请了一些泰西炮手和工匠成立了一个炮队，后来这个炮队落在孙元化手里致使孙元化成了大明顶尖的造炮专家。这次缴获了七艘佛郎机人的战舰，获得火炮数百门。另有两艘战舰沉没在和平岛码头外，火炮也是可以打捞上来的。
朱万化对缴获的泰西人的火炮是有安排的，一是选大口径的火炮，用于海防要塞的岸防炮。二是，原封不动的利用缴获的泰西战舰，编到护卫舰序列。三是选择重量轻一些的主要是青铜炮，一般都在千斤以下，配上带轮子的炮架，可以畜力拖动，配置到陆军重炮队，作为攻城武器使用。这些火炮的缺点是口径不一，一般都是每门炮都有专属炮弹，不能通用。为此，朱万化打算专门制造一台深孔镗床，根据实际炮口尺寸定制几个标准，经过加工后统一口径，重新配置瞄准装置和炮架、车轮。并且把口径、装药量的数据制定名牌固定在炮管上，以便于炮兵操作。这就避免了每门炮一种专用炮弹的情况。实在不能加工修正的，就只能当做炼钢原料了。
---第114章完---