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功绩，被尊称为太上老祖，成为天地之间至高无上，独一无二的神，他补天的助手被称为太上老君。人类一统了天地，但是更大更可怕的敌人终于站到了他们的面前：死亡。
人类战胜了万物赢得了空间，但是人类迎来了更恐怖的敌人—时间。没有了时间就是死亡，人类终于意识到生命不是无限的，人类回到天柱，找到生命的真相-交合之气。生命的诞生来自交合之气，而延续生命同样需要交合之气。但是天地的距离越来越远，最后仅存的天柱也因为龙的毁天灭地而被老祖用来炼石补天。天地再也不能交合，交合之气不再产生，真龙把天撞塌，更使原本不多的交合之气大量的泄漏，这个效果就像气球撒气一样，没有了交合之气，人就会死。可以做这么一个比喻，补天石其实就是气球的一个补丁，要时时刻刻防止漏气。
人类陷入了前所未有的恐惧之中，他们畏惧死亡，和万物战死是可以控制的是一种荣誉而现在的死亡是必然的，是毫无意义的，没有人可以逃避的。但是并不意味着人类就此放弃了对长生的需求，人类出现了对于死亡态度的两个派别：一个是太上老祖主张的自然派，一切都交给天命。一个是太上老君为代表的修行派，后来发展成道教，他们研究交合之气，一定能找到获得交合之气的方法，各种长生实验雨后春笋的秘密开展起来，很快根据实验的结果发展出了一个新的派别剥夺派。如果交合之气不能自己产生，那么我们可以去将别人的交合之气夺为己有。那么如何抢夺呢？吃人肉。开始的时候人类吃万物肉后来吃龙肉，然而人类很快发现人肉的效果是最好的，获得的交合之气也最多。
人龙之战不久之后，人类为了夺取交合之气陷入了自相残杀，一切看起来都不可逆转，直到有一个人中八洞的玉皇拿出了蟠桃，在老祖链石补天的时候，玉皇私藏了一部分交合之土，并且交给后来的王母，王母在交合之土上种出了蟠桃。交合之土内含交合之气，结出来的果子自然也有交合之气，这和万寿山的人参果是一个道理，人类万物的尸骨化成了同样具有交合之气的土壤。蟠桃的横空出世，让人类终于不再自相残杀，原本中八洞玉皇的地位火箭般的蹿升。
太上老祖是自然派的代表，他无法接受人类对时间的篡改，他认为人类追求长生是个致命的错误，在他的眼里蟠桃的诞生就是个罪恶，他对所有的人类神仙宣布：长生是非法的，服用长生药就是罪恶。人类眼看永生不死的灵药蟠桃就在眼前，怎么可能会听从太上老祖的规劝。
为了毁掉蟠桃，老祖释放了十只金乌，也就是太阳，炙烤大地。蟠桃树眼瞅着就要被活活晒死，人类军团赫赫有名的先锋，后羿拿起自己的弓箭，九乌坠地，留下一个作为世间的灯塔。后羿成为了人类的救星，他和玉皇并列成为人类众神的领袖。同时人类众神再也不能容忍盘古对长生的破坏和阻拦，盘古必须死，他们撤销了盘古太上老祖的封号，高喊：吃蟠桃得永生，杀盘古得太平，杀向了天宫，可是人类众神在第一轮的交锋中没有战胜盘古，那么谁能够杀死盘古呢？谁杀死了盘古，谁就是人类至高无尚的神。后羿站了出来，他要去刺杀盘古，为了更方便的接近盘古，后羿要改头换面夺舍投胎。
此时的太上老君还隐藏着自己的身份，留在盘古的身边，盘古也根本不知道自己最亲爱的战友老君居然才是他最大的敌人，老君偷偷从昆仑山拿回天柱，并取其中最好的材质打造了九尺钉钯，约定后羿夺舍成功之后，拿着九尺钉钯拍死盘古。但是有一个人不能容忍后羿的成功，他就是蟠桃的主人——玉皇，他要做至高无尚的人类领袖。而后羿夺舍投胎之时就是除掉后羿的最好机会，他首先毁了后羿的肉身，随后又毁了后羿投胎的身体，后羿不能在有限的时间内投胎就会灰飞烟灭，后羿在最后一刻只好错投猪胎，灵魂就此沉睡，成为一头野猪流落下方。
后羿始终没有出现，但是人类已经没有那么多的时间等待，于是玉皇以谈判的名义邀请盘古赴宴，盘古太过于自信了，他带着老君去了，在酒席宴上人类突然发难，向盘古发动进攻，盘古有万夫不当之勇，但是他万万没想到老君一剑刺穿了他的胸膛，他曾经最亲密的助手，最好的战友背后捅了他一刀，盘古绝望的回头：是你。庞大的身躯倒地，化作一缕白烟。
人类战胜了盘古，蟠桃的主人玉皇被尊为上帝，也就是玉皇大帝，老君成为道祖，取代了太上老祖的地位。为了蟠桃的安全，玉帝将交合之土和蟠桃都搬上了天宫，修了蟠桃园。长生是合法的，没有任何人可以阻碍人类追求长生了，神仙的世界终于形成，但是盘古他真的死了吗？他又去哪了？一场新的大战正在酝酿之中。
盘古并没有死，他的肉身被毁，自己的一灵真性四处飘荡，来到一处山岭，后来被称为荆棘岭，寄居于一颗菩提树上，久而久之树化人形，菩提老祖诞生。菩提老祖有盘古之魂，没有盘古的身躯就丧失了旷古绝今的战力，他要想战胜现在的天庭，只有一个方案就是组建一支完全属于自己的军团。
第一步，菩提祖师首先召集忠诚于自己的部下，以及在天庭中不得势的边缘力量，其中有后来的燃灯古佛、如来、观音等。
第二步，菩提祖师拉拢战败之后四处逃难的万物将领，其中就有毗蓝婆、青毛狮子、大象等。
将两股势力合并组建了西方教，自己就是教主，他们的老师，但是这些力量远远不足以抗衡如日中天的人类众神，而且经受背叛的菩提祖师也并不信任他们，菩提只交给他们一个任务就是收集自开天辟地以来战死的人类和万物的魂魄。至于报酬，菩提许诺会给所有追随自己的人类和万物永生，那么如何永生呢？
菩提将收集到的魂魄注入树中造就了最早的一批树人，人变成树木就可以得到永生，因为树木可以扎根于地向天而生，可以自产交合之气，用现在科学的说法叫光合作用。盘古以菩提树的根茎关联了所有的树人，每个树人的想法，他都能第一时间的获得，他可以直接控制每个树人的一举一动，这样就再也不会有背叛了。跟随盘古的西方教很快就意识到了菩提的目的，菩提只给他们提供了一条路就是成为树人，彻底丧失自我意识，成为菩提操控的棋子。他们必须在长生和自由之中做一个选择，究竟要不要成为不死的植物人丧尸五感。如来解决的反对成为树人，他说：不自由毋宁死，我们是人不是树。很快西方教达成了共识并且立刻派人和天庭谈判，并且透露了菩提祖师的所有计划，菩提就是盘古他是这个世界最恐怖的敌人。树人军团在没日没夜的生产，人类必需立刻行动，天庭出动所有的战力，西方教会从内部响应。
菩提再一次被出卖了，第一次因为他的信任，第二次因为他的不信任，他的大树军团还没有形成，可是人类众神已经团团包围了荆棘岭，树人和众神大战，树人虽少但是依旧展现了人类所不具有的能力，无知无畏无痛无感，人类并不占优势，战斗就在焦灼之时，西方教中年轻领袖如来很快就发现了树人军团的致命弱点，只要切断菩提祖师和树人的关联，树人军团自然陷入崩溃，如来带着西方教围攻菩提，切断了菩提的树根，树人军团瞬间溃散，人类众神放起大火，尚未成长起来的数族就这么灭亡了。此时菩提祖师身边还有十八公等几个树人、还有与人类仇恨最深的万物领袖，他们被重重包围，老君走到最前：哥哥罢手吧，你没有机会了。菩提祖师一声长叹：念在战友情分，我愿自裁，但是请留下我身边人的活路。老君默许，菩提自焚，化成九颗舍利子，分散四方。老君遵从了约定，让西方教在菩提自焚之处建起一座庙宇祭祀他们的师父，留下树仙守坟。至于跟随菩提的万物将领狮子等，就交给西方教处理，他们都沦为佛祖菩萨的坐骑，不过保全了性命。
这场大战被称为第二次仙界大战又称树人之战，长生之战盘古身死，树人之战盘古魂死。因为时间关系，盘古的收集到的魂魄只有少数成为树人，魂魄也纳入了天庭的管理，成立了地府，并且分门别类绘制了生死簿，但是西方教却隐藏了一个天大的秘密就是他们还收集了龙魂，并且提前转移。根据如来和老君的协议，西方教改称为佛教，天庭承认佛教的合法地位，这就是化胡为佛。老君为佛教选派了一位领导弥勒佛又称东来佛祖，如来只做了佛老。尽管如此老君仍然不放心如来，因为他太有野心了，老君把如来流放到昆仑山，保证佛教不能对道教产生任何威胁。天地重获和平，但是新的矛盾又产生了，人类赢得了空间，夺得了时间，但是这些如何分配呢？为了争夺分配权，一场新的博弈已然开始。