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也有了自己的监狱。东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂主和厂督，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。除此以外，东厂中设千户一名，百户一名，掌班、领班、司房若干，具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，也称档头，番役就是我们俗称的番子。
东厂的侦缉范围非常广，朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审；朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动；一些重要衙门的文件，如兵部的各种边报、塘报，东厂都要派人查看；甚至连普通百姓的日常生活，柴米油盐的价格，也在东厂的侦察范围之内。东厂获得的情报，可以直接向皇帝报告，相比锦衣卫必须采用奏章的形式进行汇报，要方便的多。东厂府衙的布置比较搞笑，大厅旁边的小厅，供着岳飞的雕像，厅右的影壁上，刻着胰式芏案的故事。历届东厂厂主的牌位，供奉在大厅西侧的祠堂里，堂前还有一座“百世流芳”的牌坊。可惜东厂人员的所作所为与他们这些偶像实在相差太远，东厂番子每天在京城大街小巷里面活动，并非完全为朝廷办事，更多的是为自己谋私利。他们常常罗织罪名，诬赖良民，之后就屈打成招，趁机敲诈勒索。到了明中后期，东厂的侦缉范围甚至扩大到了全国，连远州僻壤，也出现了“鲜衣怒马作京师语者”，搞的举国上下人人自危，民不聊生。在与锦衣卫的关系上，东厂则是后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系，在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
三、西厂与内行厂
西厂在明朝历史上只短期存在过，明宪宗成化年间，先是京城内出现了“妖狐夜出”的神秘案件，接着又有一个妖道李子龙用旁门左道蛊惑人心，甚至网罗了很多太监，意图不轨。虽然李子龙和他的党徒最终被锦衣卫一网打尽，但宪宗由此深感侦刺力量的不足。于是他身边机灵的小太监汪直被选中，派往宫外打探消息。汪直抓住了这个机会，到处捕风捉影，搜罗了不少所谓的“秘密消息”报告给了宪宗。宪宗认为这些消息很有价值，对汪直的表现也十分满意，要他继续做下去。
几个月后，宪宗成立了一个新的内廷机构——西厂，首领便是汪直。西厂厂址设在灵济宫前，以旧灰厂为厂署总部。西厂的军官主要从禁卫军中选拔，这些人再自行选置部下，短短几个月内，西厂人员极度扩充，其势力甚至超过了老前辈东厂。
西厂成立，本来只是为了替皇帝刺探消息，但汪直为了升官发财，拼命的构置大案、要案，其办案数量之多、速度之快、牵扯人员之众都远远超过了东厂和锦衣卫。西厂在全国布下侦缉网，主要打击对象是京内外官员，一旦怀疑某人，就立刻加以逮捕，事先不必经由皇帝同意，之后当然就是严刑逼供，争取把案件弄得越大越好。对一般百姓，其一言一行只要稍有不甚，就会被西厂以妖言罪从重处置。
在这种情况下，西厂仅仅成立5个月，就弄得朝野上下人心惶惶，以大学士商辂（就是那个连中三元的人才）为首的辅臣集体上书，向宪宗痛陈西厂之危害，并将汪直办下的不法之事一一举报。宪宗收到奏章后为之震惊，于是撤销西厂，遣散了西厂的人员。
但没有西厂的日子总让宪宗觉得没有安全感，一个奸臣戴缙在得知皇帝心思后，主动上书，大肆吹捧汪直。宪宗大喜，立刻恢复西厂，废与开之间，只相隔一个月。汪直复出后，更加严酷地办案，戴缙也得以升职。
在此后的五年里，汪直领导西厂又办下了无数“大案”，将反对自己的朝臣如商辂、项忠等一一剪除，他的权势也达到了极点。但俗话说：“物极必反”，汪直极度膨胀的权力不能不引起皇帝的警觉，在其后的权力角逐中，汪直失败，被调出京城，东厂也随之解散。几年以后，汪直在失意中死去。
到了宪宗的孙子武宗继位后，大太监刘瑾掌权，宦官势力再度兴起，西厂复开，由太监谷大用领导。好笑的是，西厂与东厂虽然都受刘瑾的指挥，但两者之间不是互相合作，而是争权夺利，互相拆台。为了改变这种情况，刘瑾又自建了一个内行厂，由本人直接统领，其职能与东西厂一样，但侦缉范围更大，甚至包括东西厂和锦衣卫。一时间，锦衣卫、东西厂、内行厂四大特务机构平存，缇骑四处，天下骚动。直到五年后，刘瑾倒台，武宗才下令撤销西厂和内行厂。
西厂作为一个临时产品，就这样在历史上永远地消失了。
最后谈一个题外话：皇帝与宦官的关系。大家一定对历史上为什么那么多皇帝都要重用宦官感到不解。其实从广义上讲，宦官这个群体也可以算作官僚机构的一部分，而且他具有很多士大夫阶层所不具备的优点：
首先，宦官是皇帝的家奴，身处内宫，和皇帝沟通起来更加方便，也更揣摩皇帝的心事。
其次，宦官本身是阉人，在社会上没有地位，他们唯一能够依靠的就是皇帝，所以他们在为皇帝办事的时候往往更忠心，更替皇帝着想，不象士大夫阶层，往往以拯救天下苍生为己任，有时不太买皇帝的帐。
第三，宦官并非目不识丁的粗人，相当数量的宦官文化水平并不抵，他们作为皇帝的私人秘书完全可以胜任，也不会向一般文人那样有那么多异议。
最后，宦官是后妃与外界沟通的主要途径，后妃如果想对朝政施加影响，就必须与宦官联合。
总之，出于专制政权的内部需要，皇帝需要一个独立于官僚机构之外的势力供自己使用，而最为方便的就是宦官。所以，只要中央集权的专制制度存在一天，宦官们就有他们的用武之地，虽然他们经常给朝政制造混乱，但任何一个聪明的皇帝都不会轻易舍弃这个有力的工具，这就是为什么宦官能够区别于外戚，在中国历史中一直扮演着重要角色的原因。