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权力，总归天皇；
2.幕府权力和职能全部转移至朝廷，各藩对幕府的责任和效忠也随之转移；
3.普天之下莫非王土，率土之滨莫非王臣，废除“士、农、工、商”制度，将皇室亲缘关系者列为“皇族”，公卿和大名列为“华族”，原幕府和大名家臣、武士列为“士族”，其他从事农、工、商的和底层贱民列为“平民”，位有尊卑，但各等级间允许相互交往；
4.规定太政大臣、关白、征夷大将军位列华族之上、皇族之下，但为虚衔且不常设，其中摄关家和清华家可担任太政大臣和关白，东宫兼任征夷大将军，下设三护国将军，分别由贤仁、清仁、兴仁亲王一脉担任，负责维护各方治安，所需兵权经天皇同意后，由征夷大将军授予；
5.爵位、官职改革：
爵位方面：
按高低分为王、公、侯、伯、君，其中王分为亲王（内）、郡王（内），只能分封皇族（含臣籍降下者），如贤仁，因封地在近江，被封为江亲王，居城也就成为宫号，即“坂本宫”（后来宫号逐渐废除，只保留爵位名）；
公分为兴国公、安国公、辅国公；
侯分为兴郡侯、安郡侯、辅郡侯；
伯分为兴县伯、安县伯、辅县伯；
君不再细分。
皇族中，除了东宫和世子外，
天皇嫡子女封亲王、内亲王，庶子女封郡王、内郡王；
亲王嫡子女封郡王、内郡王，庶子女封安国公、公主；
郡王嫡子女封安国公、公主，庶子女封安郡侯、郡主；
安国公嫡子女封安郡侯、郡主，庶子女封安县伯、县主；
安国侯嫡子女封安县伯、县主，庶子女封大君、乡君；
其后的子孙皆臣籍降下，由朝廷一次性拨款自谋生路，或由侯爵自行恩养。
华族中，摄关家和清华家可封公，大臣家可封侯、名臣家可封伯，
大名中三十万石（指幕府成立时）以上可封公，十五万石以上可封侯，五万石以上可封伯，以下可封君。
其中，谱代可封兴国公、兴郡侯、兴县伯，外样可封辅国公、辅郡侯、辅县伯。但有知行的大名所封爵位为虚封，即朝廷不拨付俸禄，一应开销自行解决。
士族中，确有功者，由其主公奏请批准后可获封侯、伯、君爵。
平民中，确有功者，由地方长官奏请批准后可获封伯、君爵。
官职方面：
收回之前赐给各地大名的虚职，规定今后朝廷职务全部实授，将官职和爵位区分开来。
在现有太政官制、律令制和“七司九曹十二所”基础上进行改革，设内阁取代太政官，下设中务省、文部省、民部省、治部省、兵部省、刑部省、大藏省、宫内省等八省，各省设其下又有二十四司，此外还改设弹正台等机构，因此被称为“阁省制”。
官职设置上力求精简，例如原来太政官的四等官制，缩减成了内阁制，左右大臣掌握最高行政权力，相当于明朝的内阁首辅和次辅，其余如内大臣、大纳言则作为阁臣纳入内阁，其余三等、四等官则大幅削减，相关职能分摊到八省中。
这套体制上的改革可以说主要是针对朝廷的，目的是提高朝廷的权威和效率，同时安抚地方大名，为后续深入推进做准备。